Wpływ na ukształtowanie się rzeźby terenu północnej części Polski wywarło ostatnie zlodowacenie Bałtyckie trwające około 90 tys. lat. Około 13 tys. lat p.n.e. na obszarze Europy Środkowej klimat stopniowo zaczął się ocieplać. Sukcesywnie postępujące zmiany klimatyczne przyczyniły się do powstania warunków sprzyjających rozwojowi roślinności. Tereny zajmowane przez dzisiejsze Nadleśnictwo Spychowo zamieszkiwały pruskie plemiona Galindów. Nazwa Galindii wywodzi się od pruskiego słowa „gãlas", które oznacza „kraj położony na końcu świata".W ślad za ustępującym lodowcem zaczęły się pojawiać pierwsze grupy ludzi, którzy wędrowali za reniferami. Najstarszym odkrytym znaleziskiem z epoki paleolitu świadczącym o obecności i działalności człowieka na terenach Polski północno-wschodniej jest pochodzący sprzed ok. 14 tys. lat p.n.e. fragment poroża renifera odkryty w 1935 r. w okolicach Giżycka nad jeziorem Popówka Mała. Na przełomie V i VI w. p.n.e. ziemie północno-wschodniej Polski zajmowali Prabałtowie, z których później wyodrębnili się Prusowie należący do tej samej grupy językowej co Litwini. Z czasem formowały się wśród nich zespoły plemienne. W X w. n.e. wymieniano 11 ziem, na które dzielił się kraj Prusów. Ich kultura określana jako zachodniobałtycka osiągnęła wysoki poziom i charakteryzowała się dużą oryginalnością.

Ryc. Puszcza Jańsborska w XVII w.

Tereny dzisiejszego Nadleśnictwa Spychowo znajdują się na obszarach nieprzebytej niegdyś pierwotnej puszczy zwanej Wielką Knieją lub Puszczą Jańsborską, a obecnie Puszczą Piską, która obejmowała kompleks leśny o powierzchni ok. 100 tys. ha. Ten dziki i niezaludniony obszar zaczął się zmieniać pod rządami Fryderyka Wilhelma, który wprowadził osadnictwo szkatułowe. Napływający osadnicy zakładali osady leśne, w których mieszkali smolarze, rybacy, bartnicy, hutnicy i myśliwi. Powstawały pola uprawne, wsie, dwory i folwarki.

Miejscowość Spychowo do 1959 r. nazywało się Pupy. Dawna nazwa pozostała w nazwie jednego leśnictwa oraz Rezerwatu Pupy koło Spychowa.W latach 1750-1752 powstał dwór szkatułowy Chochół założony przez radcę Gotzheina. Natomiast Andrzej Uklański założył miejscowość Szklarnia, w której w 1781 r. wybudował hutę szkła działającą do początku XIX w., kiedy to doprowadzono kolej żelazną do Prus Wschodnich. W 1804 r. w okolicznych lasach, w pobliżu wsi Występ upolowano ostatniego niedźwiedzia na terenie Prus Wschodnich. W 1869 r. teren obecnego Nadleśnictwa Spychowo składał się z 3 nadleśnictw: Pupy, Chochół i Świętajno, które podlegały okręgowi inspekcyjnemu w Szczytnie. W roku 1916 uruchomiono pierwszą kolej wąskotorową do Myszyńca. Po zakończeniu II wojny światowej w 1945 r. utworzono Nadleśnictwa: Spychowo, Racibór i Chochół, które zostały połączone w jedno Nadleśnictwo Spychowo w 1973 r.

Początki wprowadzenia gospodarki leśnej na obszarze dzisiejszego Nadleśnictwa Spychowo w obecnym pojęciu datuje się na drugą połowę XVIII w. Wycięte powierzchnie odnawiano sztucznie stosując siew nasion.